Laatujärjestelmä varmistaa strategian ja toimintasuunnitelman tavoitteiden ja toimenpiteiden toteutumisen. Laatutyön lähtökohtana on toiminnan kehittäminen systemaattisesti seurantatiedon ja palautteen pohjalta.

Korkeakoulujen arviointineuvosto on auditoinut Saimaan ammattikorkeakoulun laatujärjestelmän vuonna 2010. Seuraava auditointi toteutetaan vuonna 2016.